panda的留言板 - 爱吱声 - Powered by Discuz!

leekai 2016-10-2 16:25

即晴 2016-9-16 07:05

jellobean 2016-9-14 01:47

即晴 2016-3-14 03:33

jellobean 2016-1-19 10:34

喜欢喝冰茶 2016-1-1 01:48

panda: 冰茶兄，谢谢回复。平台用Illumina 3000. 我的样品是cell free DNA， QC 的时候，这批样本除在100-200bp 的peak 外在400bp 左右还有一个peak。我不知道什么引起 ...

不要那么客气，熊猫同学，ggbrisk@gmail.com。这看起来似乎是一个bias。

这两篇都提到用Qiagen的kit，然后自己修改protocal去remove这样的bias。
http://www.genomebiology.com/content/pdf/s13059-014-0519-7.pdf
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3592391/

seqanswers是很有名的一个ngs的论坛，这个帖子似乎有点老，但是还是能提供一些信息。
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=19173

我的理解是carrier RNA用来增加产量，但是在paired-end protocal里面，每一对中的每一个read是100-200不假，针对illumina平台，但是一对的两个read之间是有距离的，叫insertion size，这个不应该是零，因为它们之间的距离能够告诉你可能是insertion或者deletion。你所说的这个问题是前期的样品准备阶段，这个时候片段可以很长，不应该只有一二百nts。另外，你知道carrier RNA的序列和你样品genome是否不一样。如果carrier RNA的序列非常特异并且不太短，在数据处理时，也就是alignment时，在reference genome加入这个特异RNA序列，align好之后，把所有match到特异RNA序列里的reads全部剔除，再做variant calling或者别的什么。FDA的SEQC项目里面就是human样品里掺ERCC RNA的。

要是方便的话，能告诉我一下样品是什么，例如细菌，植物，动物，老鼠，人？大概怎么处理拿到cell free的样品，不用太细。如果是人的话，我想不会是FFPE。你说的exome seq因该是whole exome seq，打算用什么kit construct你的library？最后你大概想知道什么信息，例如想知道variant呀，或者copy number variance，抑或phasing等等。

另外也想请你帮个忙，你在德州吗？能否帮我找一篇文章，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26645048
这个杂志很新，但是西南医学中心有，我认识的几个朋友他们图书馆都没有subscribe这个杂志。

喜欢喝冰茶 2015-12-31 15:05