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chalet

喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-9 10:43
2 a3 W  S0 w: K% [* ~& T这个帖子里的东西，看起来似乎是一个简单的计算问题，但是却很可能是一场改变人类健康革命的基础。正是由于 ...

欢迎欢迎。

如果说硬要分类，这个应该还是属于生物信息学领域吧，在科教学圃应该很对口啊。
  V) p: _( O& s  C' W. g$ k
使用NCBI网站上的BLAST都是10多年前的事情了，一眨眼人都老了。。。
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0 q5 r( n/ [) j. A( O关于你下面会介绍的内容，非常期待。很久没有学习这方面的知识了，落伍了，亟待补课
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chalet

喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-11 23:06
握握手，看起来也是生物计算的啊，现在在做什么？
# w$ K+ w% [% i0 @( B
还没想好怎么写，涉及的范围得控制一下，要不太大了， ...

4 p- \6 m4 \& c+ z/ e' j$ @我可不是作生物计算的，是学临床医学出身的，而数学正是我的致命伤，哭啊~~~
那是上一轮生物技术泡沫的时候，进了国内一家生物技术公司，稍微了解了点BLAST，2003年就离开那个公司，也离开这个行业了。
对于用基因技术研究人体奥秘的价值，可以说我的认识也经历了起起落落的波折。90年代一直到本世纪初，不管是上课听到的还是看到的资料，都非常乐观，好像用测序把基因序列搞清楚了就能解决一切问题，像找到了终极解决方案一样。可是接触到这个行业后，才理解这个编码其实和天书有的一比，它具体在说什么，还需要非常复杂的分析才可能稍有理解。结合到临床，其实大部分常见病都是多基因病，单靠基因序列数据，人们其实所能做的极其有限。
目前基因测序能够帮助到临床的情况，仍然非常局限，还局限在一些基因层面比较简单的情况下。个人之前以为，这是一个系统工程，基因测序技术和数据挖掘方法是其中一块，这块的发展程度可能已经超出其他领域（说实话我不太懂其他领域包括什么，但是起码觉得对序列的临床相关性，目前还所知甚少）。现在看到你说到已经有些实际的临床应用，非常高兴，希望看到这样的进步日积月累，逐渐改变当前有点进退维谷的医学实践。
, ^# `3 l- N3 G$ f# Q关于AML分类标准，我先去学习下。期待你的佳作!

chalet

喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-12 15:10
兄弟原来是医生，幸会幸会，我的很多合作者都是MD。
3 Y* u1 N$ F) x) t6 Y  P
8 t# U# |- Q, x; x  w! P% Q呵呵，03年太早了，HGP刚完成，那会儿还没看出个所 ...

非常赞同你说的。确实当年我去那家公司的时候，他们拿手的是cDNA表达谱芯片，后面的事实证明，这个层面的发现和病人的实际情况还隔着很远的距离，当时并没有合适的解读手段。

- B8 x+ x; ^2 w* O6 ]8 R2年前，和当时认识的、仍旧战斗在该领域的朋友聊天，他谈了一些表型基因组学的进展，也让我感受到一些新的进步。
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不过，对于分子诊断在临床的大规模应用，相对而言我没有那么乐观，觉得起码有2大障碍需要克服：
1. 分子层面的异常和临床异常之间的相关性如何确认。对于部分简单的疾病，可能一对一的关系会比较容易发现，但是大多疾病是属于异质性、存在多个环节异常的。如何识别出一群有效的标志物、如何明确一个个体究竟是哪些标志物的异常是真实发挥作用的，似乎都不是很容易（好像是K-RAS吧，很好的一个标志物，可是却没有治疗靶标的价值）。在这方面需要大量的临床信息和检测结果的综合分析。但是对这个阶段，似乎大部分医生的兴趣度还不够高，而光靠academic institute里面的医生似乎还不够收集足够的数据。
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2. 分子诊断和个体化医学时代，必然需要繁复的基因、蛋白层面的检测，和数量巨大的针对性药物，这与现有的药物开发和营销模式完全不合拍。孤儿药模式不可能成为未来药物治疗的支柱。那么医药企业是否会成为个体化医学的发展阻力呢？对此我是有疑问的。

/ A$ S! R1 p: K: r/ F总之，我相信个体化医学将是最终的方向，但是面对现有研究和诊治体系，个体化医学可能需要现有体系改变目前的游戏规则和流程，我对这一个矛盾的解决途径非常好奇。可以说，有生之年可以目睹这场大戏的上演，也是我们的幸事。

chalet

喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-13 15:04
cDNA算是经典的array了，该不会在程氏公司吧~_~。现在mRNA的expression，特别是经典的几十个癌症基因的 ...

我对当前这个领域的研究有2个观点：
. E1 r4 q5 m0 C! H7 G7 O1. 当前这种研究思路，有点花大本钱做剥丝抽茧的小事的味道。一方面进步是实际存在的，另一方面又是相对片面和局限的，效率不高甚至低下。当然，这也是没有其他选择的，只能从每一个细节处着手，用蚂蚁啃骨头的办法一点点来。之前一个肺癌医生这么看待这个问题：靶向治疗药物每个针对的都是小众，虽然小，但是他们一个接一个在肺癌这个大盘子里切出小片来，积少成多，总有一天，靶向治疗会成为覆盖大多数人的有效方法。

" J: s. d" q3 ~2 x2. 个体化医学是方向，但是我们也不能奢望会有一整套的新理论新方法完全取代现在的治疗手段，那肯定是遥遥无期的事情。将现有治疗手段和个体化前沿研究的成果相结合，这个应该是更实际的路径。比如我感觉最近对靶向药物的期待已经不像几年前那么乐观，应该说是更加认识到它们的局限性了。那么现在这个情况下，有必要加强对传统手段的优化研究，比如通过对患者个体化特质的分析对传统化疗进行优化。最近听说有些单位已经在做患者化疗药物的AUC监测，这就是用现成手段进行个体化医学实践的例子，期待他们能脚踏实地，有所收获。