MacArthur 发表于 2013-10-6 16:17
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。( B# i. U! R7 O, d$ V; a
Google "Blast算法",一堆开源程序。
string1: TACGGCATGGCTATCGTAGCTAG3 T; h6 }7 B& U: k
) T8 q' w" P, V: o
string2: GCTAT' ?( P$ n4 @5 `% s
要求在string1里找到string2的位置,如果存在多个的话,都要找出来。
如果两个字符串是这个样子6 |; y5 A; F/ @
string1: AAAAAATTTTCCCCCGGGTTTTAAAACCCCCCGG
string2: TTAAA
MacArthur 发表于 2013-10-6 21:35
不明觉厉。。。 上Billion字节的操作,想想就头大。。。 这个规模是不是得上并行计算了?* |( ?4 U$ S- X, s0 V
...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-7 10:35
当然要省很多时间,因为不需要对string1一个一个比了!!!& a# Y+ r) O! L. F, t% o, R7 M
' I; c9 g! H% n) |9 q, [! l& \
string1可以写成:
! D9 h4 `( e& D喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-9 10:43* A2 ~$ [3 } O( C9 \% n) J
这个帖子里的东西,看起来似乎是一个简单的计算问题,但是却很可能是一场改变人类健康革命的基础。正是由于 ...
* @# k* W: m% \$ c/ K. j& S, U喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-11 23:06
握握手,看起来也是生物计算的啊,现在在做什么?( S& P' n$ b, f
! q5 E' |( i) U8 G
还没想好怎么写,涉及的范围得控制一下,要不太大了, ...
chalet 发表于 2013-10-11 20:295 s# b% E+ D! n0 J& o8 B
我可不是作生物计算的,是学临床医学出身的,而数学正是我的致命伤,哭啊~~~
那是上一轮生物技术泡沫的时 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-12 15:10
兄弟原来是医生,幸会幸会,我的很多合作者都是MD。
- l& U W- T) b4 ]4 y: \
呵呵,03年太早了,HGP刚完成,那会儿还没看出个所 ...
chalet 发表于 2013-10-12 03:12# M; ]$ Q; o+ D; m: p" A% f5 f
非常赞同你说的。确实当年我去那家公司的时候,他们拿手的是cDNA表达谱芯片,后面的事实证明,这个层面的 ...
chalet 发表于 2013-10-13 21:20
我对当前这个领域的研究有2个观点:2 E% y' T( V0 }1 S X. e* p% V
1. 当前这种研究思路,有点花大本钱做剥丝抽茧的小事的味道。一方面 ...
一叶飞刀 发表于 2014-11-15 07:01( R' x3 U- f/ S3 u
关于字符串匹配,应当已经解决完毕了,大概不会有更高级的算法了。/ A X) |+ Z+ S. J8 v; a
从S中找ss简单匹配算法为用ss的第一个 ...
| 欢迎光临 爱吱声 (http://www.aswetalk.net/bbs/) | Powered by Discuz! X3.2 |