爱吱声

标题: 基于“拔河”的HT Chip [打印本页]
作者: 喜欢喝冰茶    时间: 2012-9-14 22:55
标题: 基于“拔河”的HT Chip
本帖最后由 喜欢喝冰茶 于 2012-9-14 22:30 编辑
0 {/ e0 S5 g; J. @- P; M! A( H  Q7 d" s& N; e* W7 p
最近的Nature methods和 biotechnology上谈到了一些基于“力”的High-throughput chip。超过100kb的长度，是现在热炒的NGS／3GS难以望其项背的。特别是对现在大家都不知道的重复性DNA区域的研究会有帮助，同时也对structural variation的理解有益。
( \$ Q9 e; {  f  l! Q0 ~1 Z
  d; o* c' _1 m) X- R# [; j2 o事实上在“拔河”比赛中，至少对于protein，无论是实验技术还是计算技术都已经有一、二十年的历史。单分子力技术的发展中，加州的研究人员一直处于前列，例如现能源部长。但是最近大规模将其转换为应用领域的努力，对DNA整个的操作机理会有可以预见性的帮助，特别是对于临床，例如Cancer Genomics。
0 ~4 Z/ {7 o7 A4 i: j9 g5 ]
" L6 Z" d8 }4 Z- A2 ]  ~某种意义上来说，“拔河”比赛和"搭积木"是个相反的过程，看看等忙完手边儿的一些项目，有时间写个“搭积木”的姊妹篇，“我和春天有个约会”，哦！是和胖胖蛋白有个约会。
作者: martian    时间: 2012-9-15 16:37
有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.
作者: 喜欢喝冰茶    时间: 2012-9-15 20:47
本帖最后由 喜欢喝冰茶 于 2012-9-15 20:33 编辑
+ U+ @2 s9 v1 E! N, S
martian 发表于 2012-9-15 02:37
" n9 k, z& N) x/ r9 @  b有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

% D( [4 F1 ]: N- ~" m1 m' B
' M; H3 @0 @2 tMehods: DNA: stretch for the camera, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2166.htm$ n4 T3 h1 S" o) l+ D. E

8 P, N* O4 R) W- v2 Q/ J" qMethods: Pulling on single molecules, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2149.html
  q1 }# f- U# s* V* y# m# x这个似乎全文是免费的。
2 \8 |/ ?& L9 j& T; ^
9 {. o' I- x9 F& S: mBiotechnology: Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Pubmed ID: 22797562
作者: 隧道    时间: 2012-9-25 16:05
有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。4 j* \* m$ v5 h' |# e) T  t7 Z% c/ ]- A
不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？  w- {. G% R' `2 f

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作者: 喜欢喝冰茶    时间: 2012-9-27 11:53
隧道 发表于 2012-9-25 02:05
, b7 ^  u8 n+ X! d( W. Z" F有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。9 \: W5 _( J, r7 u) [% N( F+ G
不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？

8 e3 o3 W1 P$ D看着还行，开始出来的东西，不能指望太好。现在的microarray不也是经过十几年的发展才到现在的精度吗？
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/ s9 w6 s& P. h, M; y8 o( q0 B" R慢慢来，至少部分的能够得到一些3D的信息了，现在的HT技术还做不到。



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